W przeszłości był wykładowcą w Akademii Spraw Wewnętrznych. Pracę w Uczelni słupskiej rozpoczął w 1995 roku. Prowadził pionierskie badania nad przeszłością polskich służb specjalnych w XX wieku, ze szczególnym uwzględnieniem dziejów wywiadu wojskowego. Zaowocowały one wydaniem ważnych książek i wielu cennych artykułów naukowych. W latach 2000–2004 był ekspertem Polsko-Brytyjskiej Komisji Historycznej do Spraw Dokumentacji Działalności Polskiego Wywiadu i Jego Współdziałania z Wywiadem Brytyjskim. W 1996 otrzymał Nagrodę „Przeglądu Wschodniego” za książkę Wywiad Polski na ZSRR 1921–1939. Składamy serdeczne kondolencje Rodzinie. Cześć Jego pamięci.

Msza św. żałobna w intencji Prof. Andrzeja Pepłońskiego odbędzie się 2 września o godz. 11.15 w kościele w Kobylnicy.
O godz. 12.10 - wystawienie urny w kaplicy na starym cmentarzu w Słupsku, a o godz. 12.40 złożenie urny do grobu.